ストーリーモード

文字色が青の味方キャラはCP

※　第21話以降はクリアする毎にショップで１話ずつ売られるようになります。
※　第30話はショップで大蛇丸を買う必要があります。

物語	自分	相手	あらすじ
第1話	ナルト	イルカ	アカデミーを卒業し、見事忍者になったナルト。そんなある日イルカ先生がナルトを呼び出した･･･。
第2話	ナルト	サスケ	三人一組のチームを組んだナルト達。任務ではいつもサスケにおいしいところを持っていかれてしまいナルトは･･･？
第3話	ナルト	サクラ	大好きなサスケをナルトに負かされ、サクラの怒りが爆発！
第4話	ナルト＆サスケ＆サクラ	カカシ	カカシ先生に呼び出されたナルト達。カカシ先生は突然サバイバル演習をやると言い出した！
第5話	ナルト＆サスケ	白	建設中の橋を護衛する任務のため波の国にやってきたナルト達だが･･･。
第6話	九尾ナルト	白	白の必殺技でサスケを傷つけられたナルトは･･･？
第7話	ナルト＆サスケ＆サクラ	再不斬	苦戦の末、白を倒したナルト達だったが･･･。
第8話	写輪眼カカシ	再不斬	カカシ先生と再不斬の最後の決戦！
第9話	ナルト	ロック・リー	中忍になるため試験を受けることにしたナルト達。そこへやたらと濃ゆい男が現れた！
第10話	サスケ	ロック・リー	リーは自分の力を試そうとサスケに挑戦してきた。
第11話	サスケ＆ナルト＆サクラ	大蛇丸	試験会場へ向けて進むナルト達の前に突然不気味な男が現れた･･･。
第12話	ナルト	オボロ、カガリ、ムビ (分身)	試験会場へ向かうナルト。サスケ、サクラとはぐれてしまい森の中を進んで行くと･･･。
第13話	サクラ	いの	中忍試験がいよいよ開始。サクラの相手は幼なじみでライバルでもあるいのだった。
第14話	ナルト	キバ	ナルトの試合。相手は忍犬赤丸をしたがえたキバ。油断するキバに対してナルトは･･･？
第15話	ヒナタ	ネジ	日向の血を引くヒナタ。彼女の相手は同じ日向一族のネジ。ネジはキケンをすすめるが･･･。
第16話	ロック・リー	我愛羅	熱血忍者リーの相手は砂隠れの里からやって来た我愛羅という少年だった。
第17話	ナルト	ネジ	ナルトの相手はヒナタを倒したネジ。親戚のヒナタにも容赦しないネジに対しナルトは･･･。
第18話	サスケ	我愛羅	修行から戻ったサスケの相手は砂隠れの我愛羅。サスケは我愛羅達の狙いを聞くが･･･。
第19話	サスケ	我愛羅＆カンクロウ	逃げた我愛羅達を追うサスケだったが･･･。
第20話	ナルト	我愛羅	サスケの元へナルト、サクラが登場。ついに最後の戦いへ･･･。

第21話	ロック・リー	マイト・ガイ	リーを呼び出したガイ先生。リーが勝てば新しい技を教えてくれるらしいのだが･･･。
第22話	ロック・リー	ネジ	同じチームのネジに勝つことを目標にしてきたリー。リーはネジに勝利できるのか？
第23話	サスケ	ネジ	木ノ葉のエリート一族うちはと日向の戦いの行方は？
第24話	カカシ	マイト・ガイ	宿命のライバル、カカシ先生とガイ先生。 100戦目の結末は？
第25話	カカシ	大蛇丸	カカシ先生の前に現れた大蛇丸。大蛇丸の目的とは？
第26話	いの	シカマル	試験会場へ向かういのとシカマル。シカマルの態度に対していのは･･･？
第27話	ヒナタ	キバ	中忍試験を受けるキバとヒナタ。同じ班のキバはヒナタの修行を手伝うことに･･･。
第28話	ネジ	マイト・ガイ	ガイ先生は本選に向けて修行のためネジを呼び出したが･･･？
第29話	我愛羅	カンクロウ	砂の国からやってきた我愛羅達。カンクロウは我愛羅になんとかして言うことを聞かせようとするが･･･。

第30話	サスケ	カカシ	我愛羅との闘いの前に、カカシ先生はサスケを呼び出した。